Itulah kondisi yang kerap ditemui oleh para auditor di lapangan saat melakukan audit di lingkungan instansi pemerintah, entah itu audit kinerja apalagi kalau audit investigasi, akan banyak ditemukan permasalahan dan besarnya temuan rupiah didapatkan. Hal ini sepertinya tidak mengherankan, karena memang efektivitas pengelolaan keuangan baik di pusat maupun daerah masih belum didukung oleh sebuah sistem pengendalian intern yang andal. Fakta telah menunjukkan kepada kita, banyak sekali kepala daerah dan menteri atau pimpinan lembaga yang terindikasi kasus-kasus korupsi bahkan sebagian telah diputuskan oleh pengadilan bahwa mereka bersalah. Lantas pertanyaannya dimanakah peran APIP dalam hal ini.
Sesuai dengan definisi Internal Audit maka peran APIP sebagai internal auditor di lingkungan kementerian/lembaga/pemerintah daerah adalah memerankan diri sebagai konsultan dan assurer. Namun sebagian APIP masih cenderung memerankan dirinya pada salah satu peran internal audit saja yaitu sebagai assurer dan itupun pada peran yang lebih sempit lagi yaitu hanya audit, audit dan audit. Padahal dalam kondisi sistem pengendalian intern yang belum baik ditambah minder-nya Pimpinan APIP terhadap posisi Kepala Daerah ataupun Menteri/Pimpinan Lembaga mengakibatkan hasil audit pun menjadi kurang efektif. Mungkin sering kita dengar dari banyak auditor di APIP, dimana mereka mengeluhkan pada saat melakukan penugasan audit sering tidak dapat melakukan audit dengan baik dan sesuai standar audit. Salah satu yang dikeluhkan adalah bila melakukan audit dengan baik (independen dan obyektif) nanti akan dapat banyak temuan dan pada akhirnya para auditor tersebut terancam akan dimutasi ke unit kerja di daerah pelosok oleh pimpinannya.
Lahirnya PP 60 tahun 2008 tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) adalah jawaban dan sekaligus langkah kongkrit dalam rangka mewujudkan sebuah sistem pengendalian yang terintegrasi di lingkungan instansi pemerintah. Sistem pengendalian intern lama yang berbasis pada hard control dalam SPIP telah dipadukan dengan aspek soft control. Dengan demikian pengendalian tidak saja dilakukan pada barang, aktivitas dan program tapi juga meliputi pengendalian pada aspek SDM sebagai penyelenggara sistem pengendalian. Aspek integritas, kepemimpinan dan SDM yang berbasis kompetensi menjadi fokus dalam SPIP. SPIP yang meliputi 5 unsur dan 26 sub unsur merupakan aspek fundamental bagi pelaksanaan pembangunan nasional dan sebagai sarana utama mewujudkan good governance dan clean government di Indonesia.
